Op 4 juni 2008 reikte Margriet Weide, toenmalig projectleider prenatale screening van de Koninklijke Nederlandse Organisatie van Verloskundigen (KNOV) het ISO 9001: 2000 certificaat aan BovenMaas prenataal uit. BovenMaas prenataal werd hiermee het eerste eerstelijns screeningscentrum in Nederland met een ISO-certificering.

Op 1 september 2010 werd de ISO 9001: 2000 certificering omgezet in een ISO 9001: 2008 certificering. Hiermee wordt aan de nieuwe ISO-norm voldaan. In april 2011 is de ISO-certificering van BovenMaas prenataal weer voor 3 jaar verlengd.